治疗腹泻，最重要的是对症下药。一般来说急性腹泻的首选药不是止泻药，而是补液盐，特别是小儿患者。因为腹泻很容易引起脱水，严重脱水可能危及生命。腹泻患者用药根据治疗原则，按顺序服药，首先使用抗菌药物，尽快控制病原菌的继发感染;其次，间隔1小时后加用肠黏膜保护剂;再过1小时后服用微生态制剂，这样可以避免抗菌药减弱微生态制剂中的活菌而降低疗效。避免以下误区。
1、滥用止泻药：有些腹泻患者发生腹泻后，就急急忙忙使用止泻药，这种做法有时会适得其反。因为初期的腹泻能将体内的致病菌与它们所产生的毒素排出体外，减少对人体的毒害作用。此时如果使用止泻剂，无疑是闭门留寇，增加对人体的毒害作用。当然，如腹泻频繁、持续时间长且出现脱水症状者，在全身应用抗生素和纠正脱水的前提下，要酌情使用止泻剂。
2、滥用抗生素：许多腹泻患者一有腹泻，不管三七二十一，就吃上几片磺胺或诺氟沙星等抗生素，这种做法是不对的。因腹泻的范畴广泛，内容错综复杂，只有是细菌感染所致的，才能应用相应抗菌药物治疗。非感染腹泻如饮食不当、食物过敏(对鱼虾、酒过敏等)、生活规律的改变、外界气候突变等原因引起的此类腹泻，使用抗生素治疗是无效的，而应对症治疗。
3、滥用止痛剂：部分腹泻患者喜欢用山莨菪碱、阿托品、颠茄片等来治腹痛，其实这种做法不妥。使用止痛剂可能会减轻腹痛，但山莨菪碱、阿托品、颠茄片会减少肠蠕动、增加毒物的吸收，对治疗不利，甚至还可加重病情。另外止痛药可能会掩盖病情，给医生确诊带来困难。对于轻度腹痛者可用热水袋热敷腹部来缓解腹痛;重度腹痛者可在医生的指导下使用止痛剂。
4、过早停药：应根据病原及病情轻重规范剂量与疗程，霍乱不论轻重均需3～5天，细菌性痢疾一般5天，而真菌及Whipple病一般要两周疗程，均应疗程结束后作病原检查，两次阴性才算治愈。
5、频繁换药：频繁更换抗生素，这既是无效行为，使不良反应增加，又促使细菌耐药性发展，易使机体产生耐药性，反而造成适得其反的不良后果。因此，要按规定的疗程用药，不可随意频繁换药。
